申请了商家二维码还是不能用花呗有这几种原因：

1、商家二维码是个人码，不是商家收款码，或者是收款码没有开通花呗收款功能。

2、系统会在付款时对买卖双方的账户情况综合评估是否可用花呗支付，交易环境没有通过系统综合评估是不能用花呗付款的。

3、付款方花呗账户被冻结，或者止付，就算商家能用花呗收款，付款方也是不能用的。