微气泡发生器的工作原理是利用散气叶轮的高速旋转在水中形成一个真空区，液面上的空气通过输气管进入水中去填充并切割，微气泡随之产生，并螺旋型地上升到水面，空气中的氧气也随着进入了水中。污水在上升的过程中与叶轮产生的微气泡充分混合。由于气水混合物和液体之间的不平衡，产生了一个垂直向上的浮力，将固体悬浮物带到水面。上浮过程中，微气泡会附着在悬浮物上，到达水面后固体悬浮物便依靠这些气泡支撑维持在水面。